檢方對趙顯娥提起4項控罪，
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，包括：改變班機航道，
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，違反《航空保安法》相關規定；行使暴力妨礙飛行安全；強迫他人並妨礙作業。呂姓常務理事則涉嫌於事發後指示下屬刪除報告紀錄等，
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，企圖隱瞞事證，
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，並恐嚇座艙長。雖然當時並非由趙顯娥親自要求機長將班機滑行回登機門，
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，而是由座艙長開口，
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，但檢方認為座艙長是迫於趙顯娥要求而為。趙顯娥斥令座艙長下機，
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，涉犯強迫他人罪，
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，在機艙內製造騷亂致使飛機滑行回登機門等行為，
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，則涉嫌妨礙工作。，